St Germain des Prés tire son nom du passage en 445 de Saint Germain évêque d’Auxerre. Ce village était souvent dans le passé surnommé, « la paroisse aux 70 hameaux », hameaux qui pour la plupart existent toujours.

De nombreux châteaux aujourd’hui disparus portaient le nom de ces lieux-dits tels celui de Javot où ont été découvertes des tombes carolingiennes, de Guisors (Guezard) où resta une nuit Jeanne d’arc qui traversa ensuite l’Ouanne au gué du Pont Guinant, des Essarts, de Pourpry ou de Montanthaume où l’Evêque Saint Germain prêcha devant le peuple.

L’Ouanne traverse le territoire de Saint-Germain-des-Prés avec de nombreux méandres et bras secondaires, son bras principal marquant la limite avec Gy-Les-Nonains sur sa rive gauche. Les rus saisonniers du Pont Guinant et de Francillon se déversent dans l’Ouanne. Une source alimente le lavoir de la Fontaine.

De nombreux évènements ont bouleversé le destin de l’’Eglise de Saint Germain. Un édifice initial dont il ne reste rien a été érigé en 611 par Saint Loup évêque de Sens. Refaite et modifiée plusieurs fois elle est prise en charge vers 1120 par les moines de Molesmes qui l’agrandir au XII siècle. En 1358 l’église est très endommagée par un incendie et définitivement restaurée cent ans plus tard, mais celle-ci sera à reconstruire et à réaménager progressivement à partir de 1580 après les passages dévastateurs des armées des guerres de religion.