Le nom de la localité est attesté sous la forme Cella, en 1156, qui signifie « petit monastère », et de Bied, variante de bief, un canal apportant l’eau à un moulin, mais aussi cours d’eau, la Cléry, affluent du Loing qui traverse le territoire de la commune.

Entre le 29 janvier et le 8 février 1939, plus de 2 800 réfugiés espagnols fuyant l’effondrement de leur république devant les troupes de Franco, arrivent dans le Loiret. La Selle-sur-le-Bied fait partie des 46 centres d’accueil ruraux ouverts dans le Loiret. Les réfugiés, essentiellement des femmes et des enfants, les hommes étant désarmés et retenus dans le Sud de la France, sont soumis à une quarantaine stricte, vaccinés… Une partie des réfugiés rentrent en Espagne, incités par le gouvernement français qui facilite les conditions du retour, ceux préférant rester sont regroupés au camp de la verrerie des Aydes, à Fleury-les-Aubrais.

Le 1er mars 2019, la commune fusionne avec Saint-Loup-de-Gonois pour former la commune nouvelle éponyme de La Selle-sur-le-Bied, dont la création est actée par un arrêté préfectoral du 26 février 2019.
L’église de la Sainte-Trinité et Sainte-Radegonde est à l’origine un édifice du XIIème siècle qui a subi les affres du temps, les détériorations. Remaniée début du XVIème siècle, elle a été restaurée à la fin du XIXème siècle. Rectangulaire, elle se compose de deux nefs. Un clocher du XIXème siècle a été édifié au niveau de la seconde traversée. Deux portails s’ouvrent sur la façade ouest. Quatre des clefs de voûte portent des armoiries.

Lors de travaux de réfection en 1958, ont été découvertes cinq peintures murales réalisées à la fin du XVème siècle, début du XVIème siècle. Les fenêtres ont reçu des vitraux réalisés en 1891.
Le château de la Selle-sur-le–Bied a été édifié en 1643 en remplacement d’un précédent château. Les façades et toitures ainsi que la cour, le pont d’accès et les douves sont inscrits sur la liste des monuments historiques, depuis 1963.

Le polissoir des Davaux, au nord de la commune, est un des très rares sur affleurements rocheux du Loiret.